Tiểu Chiêu được coi là ngôi chùa anh em với Đại Chiêu và chùng cùng được xây dựng hoàn tất trong một khoảng thời gian. Truyền thống kể lại rằng chùa ban đầu được xây dựng để tỏ lòng tôn kính bức tượng Jowo Rinpoche (Giác-oa Nhân-bảo-triết, Đức Hạnh Cao Quý), được đem đến Lhasa qua Lhagang trong một xe ngựa bằng gỗ, tượng được đưa tới Tây Tạng khi Văn Thành Công chúa đến Lhasa. Ban đầu, hai chùa Đại Chiêu và Tiểu Chiêu được xây theo lối kiến trúc Trung Hoa. Vào thời Mang Tùng Mang Tán (Mangsong Mangtsen) trị vì (649-676), do mối đe dọa từ việc nhà Đường có thể xâm lấn, Văn Thành Công chúa được kể lại là đã giấu bức tượng Jowo Rinpoche trong một căn phòng bí mật tại chùa Đại Chiêu. Kim Thành Công chúa vào một thời điểm nào đó sau năm 710 đã đặt tượng trong chính điện của chùa Đại Chiêu. Để thay thế, người ta cho đặt tượng Jowo Mikyo Dorje tại chùa Tiểu Chiêu, đây là một tượng đồng nhỏ của Đức Phật khi ngài tám tuổi và được Hoàng hậu người Nepal của Tùng Tán Can Bố là Bhrikuti (Xích Tôn Công chúa) đem tới Lhasa. Bức tượng được thuật lại là đã bị hư hỏng nặng do các hành động của Hồng vệ binh trong Cách mạng văn hóa.[2][3]

Ngôi chùa đã bị hư hỏng nặng trong cuộc xâm lược của người Mông Cổ và người ta không chắc chắn rằng bức tượng vẫn còn nằm ở chùa vào năm 1959 có phải là tượng gốc không. Ngôi chùa nguyên bản đã bị phá hủy do hỏa hoạn, và ngôi điện ba tầng hiện nay được xây ban đầu vào năm 1474. Chẳng bao lâu sau, chùa trở thành lễ đường của Gyuto Tratsang, hay Học viện Thượng Mật Tông của Lhasa và là nơi sinh sống của 500 sư tăng. Học viện có liên hệ gần gũi với Yerpa và đây là nơi các sư tăng sẽ ăn ở trong mùa hè.[3][4]